La formación espiritual se entiende como un proceso de identidad con Cristo Pastor, Profeta y Sacerdote.
Se pretende hacer del aspirante al sacerdocio un hombre de oración profunda y de compromiso serio en el servicio a Dios y a los hermanos. Su objetivo fundamental es formar al seminarista en el seguimiento radical de Cristo; para que, abierto a la acción del Espíritu, encarnado en una realidad concreta y en comunión con sus hermanos en el presbiterio, llegue a servir a la comunidad eclesial y a actuar en nombre de Cristo Cabeza.
Para el desarrollo de esta dimensión el Seminario ofrece los siguientes medios:
La Eucaristía
La Liturgia de las Horas
La Lectio Divina
La Meditación
Los Retiros Espirituales
La Dirección Espiritual
La Vivencia del Año Litúrgico
La Oración Personal y Comunitaria
El Silencio
El Culto Eucarístico
La Devoción a la Santísima Virgen María